Når man læser Bibelen (og alt muligt andet) er det altid en god idé at læse sammenhængen med.

Johannes omtaler sig selv gennem hele sit evangelium som "den discipel, Jesus elskede". At det ikke kan være en kvinde, fremgår tydeligt af fx Johannes Evangeliet 20,1-2:

"Den første dag i ugen, tidligt om morgenen, mens det endnu var mørkt, kom Maria Magdalene ud til graven, og hun så, at stenen var flyttet fra graven. v2 Så løber hun hen til Simon Peter og til den anden discipel, ham som Jesus elskede, og siger til dem: »De har flyttet Herren fra graven, og vi ved ikke, hvor de har lagt ham.«" (min fremhævelse)

Her har vi faktisk på samme tid Maria Magdalene og "den discipel, Jesus elskede" - og det er tydeligt, at det ikke kan være den samme.

Se i øvrigt Joh 21,1-8 og 21,20-21, hvor det også tydeligt fremgår, at "den discipel, Jesus elskede" er en mand.

Endvidere ser vi i Joh 21,20-21, at Johannes har siddet ved siden af Jesus ved måltidet (indstiftelsen af nadveren) - og derfor gør Leonardo Da Vinci også ret i at male Johannes ved siden af Jesus.

Joh 21,20-21:
"Da Peter vendte sig om, ser han den discipel følge efter, som Jesus elskede, og som ved måltidet havde siddet lige ved siden af ham og spurgt: Herre, hvem er det, der skal forråde dig?"

At Johannes så potrætteres med feminine træk skyldes, at der er en (old)kirkelig tradition for at sige, at Johannes var yngre end de andre disciple, hvilket blandt andet giver god mening ud fra det faktum, at hans evangelium er det yngste (fra ca. år 95). Derfor bliver Johannes ofte fremstillet med drengede eller feminine træk, som det i det hele taget er karakteristisk for mange af Leonardos malerier, at figurerne er fremstillet med kønsneutrale træk.