Niels Hyldahl er særlig kendt for sin forskning, som sandsynliggør, at Paulus? breve kun er skrevet inden for de sidste omkring to år af hans kendte virksomhed. Bogen "History of Early Christianity" (den tidlige kristendoms historie) har gjort sig bemærket internationalt.

I den nyere Paulus-forskning har teologerne lagt mere vægt på betydningen af Paulus som jøde og dermed fjernet ham mere fra kristendommen. Den forskning har Niels Hyldahl reageret imod, da han mener, at man skal skelne mellem flere former for jødedom og også fokusere på, at Paulus var en kritisk jøde.