Det har været en lang proces at finde ud af, hvilke bøger og skrifter, der skulle med i Bibelen, og hvilke, der ikke skulle. Det har formodentlig i høj grad været praksis, der har afgjort det. Det vil sige, at man har udvalgt de bøger og skrifter, som folk i forvejen brugte, og som var en vigtig del af deres fortællinger og historie.



Et andet aspekt, der spillede ind på samlingen af den nytestamentlige kanon, var teologien. Her var det af yderste vigtighed at slå to væsentlige ting fast. Det ene var, at Jesus både var sandt menneske og sand Gud. Det andet var, at han døde og opstod. 
En del af de skrifter, som kaldes de nytestamentlige apokryfer, giver udtryk for noget andet, nemlig at Jesus ikke var et sandt menneske, men kun Gud, eller at han slet ikke døde rigtigt på korset, hvilket betyder, at han heller ikke opstod fra de døde. Det er en af grundene til, at disse skrifter er udeladt af kanon.